保存种子的适宜条件是低温干燥。种子含水量在贮藏期间应控制在安全含水量以下，稻、麦、玉米等粮食作物种子安全含水量为12%到13%，棉花、豆类、花生等高油量种子为5%到9%，蔬菜种子为7%到9%。温度和湿度显著影响种子生活力，应避免高温（＞30℃）和高湿（相对湿度＞75%或种子含水量＞15%）的贮藏条件。
气体影响种子呼吸，应保持10到20℃低温、干燥种子在密闭条件下贮藏。贮藏方法因种子用途而异。作物品系、育种材料种子，用麻袋、多孔纸袋、玻璃瓶等包装，大田种子采用散装、围囤或袋装。种子入库前先行种子清选干燥和库房消毒，入库后注意通风换气和防潮、防虫、防鼠并定期检查和测定发芽率。
将种子储存在最佳环境中能够确保它们的活性长达数年之久。如果你曾经将自己采收的种子或者从花田间购买的种子保存起来，等到第二年春天播种的时候却发现它们的发芽率降低了，那么，原因很可能是这些种子没有保存在合适的环境当中。
