荠菜通常是在春季开花的，具体是4月前后，5月份就可采收种子了。发现荠菜的种子由青变黄，七八分熟的时候就可采种，选在晴天的时候采收，直接将荠菜割下来，然后摊在地上晾晒，将种子搓出来，扬净就行。种子还要晾晒处理，通常需要晾晒三天，晾晒之后装瓶等到播种期再取出播种就行。
如何从野生荠菜中采种？
野生荠菜类型较多，常见的有：①阔叶型荠菜：形如小菠菜，叶片塌地生长，植株开展度可达18～20厘米，叶片基部有深裂缺刻，叶面平滑，叶色较绿，鲜菜产量较高。②麻叶（花叶）型荠菜：叶片塌地生长，植株开展度可达15～18厘米，叶片羽状全裂，缺刻深，细碎如飞廉（Carduus crispus >L.）叶型，绿色，食用香味较好。③紫红叶荠菜：叶片塌地生长，植株开展度15～18厘米，叶片形状介于上述两者之间，不论肥水条件好坏、长在阴坡或阳坡、高地或凹地，叶片叶柄均呈紫红色，叶片上稍有茸毛，适应性强，味佳。
选苗采种方法是，在冬季或早春，可到田野里挑选种苗，将三种类型荠菜分挖、分放，也可根据选种目的，挑选其中一种类型。然后将种苗定植在经过施肥和精细整地的零星熟土菜地上（注意不同类型之间需进行隔离），成活后注意浇水施肥，防治蚜虫，使植株正常开花结荚。在种荚发黄，种子八成熟时收割，以免过熟后“炸荚”使种子散落。将收回的种荚摊于薄膜上晾干搓揉，取出干种子精细保管待用。
荠菜如何选留种？
人工栽培荠菜进行选留种，能迅速增加荠菜种子数量，扩大种植面积，而且建立留种田能省却从野生地采种的诸多麻烦。根据上海多年的经验，荠菜选留种应抓好以下关键：
（1）精选留种田
一般选择9月下旬至10月初播种的迟播田块作为种子田。选择地势高爽，品种纯度高，生长健壮，无病虫害的荠菜田作为留种用。
（2）坚持株选标准
当春节来临，在留种田挑收荠菜时，应着眼于选留好种株。例如，在板叶荠菜种子田里，应将符合板叶荠菜特征的健壮植株留下来，剔除一些非板叶荠菜植株，将长势差而小的、有病虫害的植株挑去上市。使种株的株行距保持15厘米，以利种株间有均匀的生长空间，促使其平衡生长，提高种子产量。因荠菜原属野菜，品种混杂，只有坚持株选，才能有效地提高种性纯度，确保下一熟商品菜优质高产。
（3）做好种子田的管理工作
前期的肥水管理、除草、防虫等措施与商品荠菜田相同。但在2月份去杂去劣后，必须追施腐熟淡水粪1次，促使种株发好棵，使其根深叶茂，营养生长健壮。在抽薹现蕾后，应增施磷、钾肥，可结合防治虫害，在农药内加入0.3%的磷酸二氢钾液喷施。这不仅能增强种株的抗逆能力，而且有利于多结荚并促进籽粒饱满。平时要特别勤查勤防蚜虫。即使至4月20日种荚已进入结荚乳熟期，仍应防治蚜虫一次，否则会因蚜虫猖獗而使籽粒不饱满，造成种子歉收。平时也须做好修沟理沟工作，以防雨水多时造成涝灾。
（4）适时采种，及时脱粒晒干贮藏。
荠菜种株的成熟，一般在4月底至5月初，当种株花已谢，茎微黄，从果荚中搓下种子已发黄时，为九成熟。这时采收最为适时。如过早采收，则种子成熟度不够，产量低，质量差。过迟采收，种子散落造成浪费。一般在晴天的早晨进行采收，中午不要收割，以免果荚裂开，种子散落。在收晒过程中，应随时搓下种子，随即薄摊于竹匾中，晒时不要翻动。第一次脱粒的种子质量最好，以后脱粒的稍次。在正常年份，一般每667米2种子产量可达25～30千克。
