冷冻榴莲是最常见也最受欢迎的榴莲保存方式，将果肉剥出，放在密封的保鲜盒或者用保鲜袋装好，放入冰箱的冷冻层。等到要吃的时候稍微解冻，用勺子勺着吃，会有雪糕的口感和风味。
榴莲奶昔是处理吃剩的榴莲的一个很不错的方式，把榴莲果肉搅拌至溶烂状，加入等量的牛奶搅拌，然后放进冰箱冷冻室，大概冷冻2小时之后再搅拌一下，这样的二次搅拌可以让奶昔变得更加细腻。
榴莲具有后熟期，一般情况下，榴莲买回来后仍需保存一段时间才会真正成熟。此时只要将它放在阴凉处保存就可以了，因为榴莲外壳会起到很好的保护作用。等到榴莲果壳自然裂开就可以食用了；如果榴莲未裂开、用细木条轻敲榴莲壳，发出比较厚实的声音时，也是可以食用的。
