中国境内的帕米尔高原是其东部，在克孜勒苏柯尔克孜自治州和喀什地区境内。东以木吉谷地和塔什库尔干谷地为界，与西昆仑山相邻，南邻喀喇昆仑山。北部呈北西一南东走向，南部呈北北西南南东走向。
帕米尔高原实际上不是一个平坦的高原面，而是由几组山脉和山脉之间宽阔的谷地和盆地构成。根据地形特点，帕米尔高原在萨烈兹湖西北被分为东西两部分。
帕米尔高原属严寒的强烈大陆性高山气候，特别是东帕米尔的大陆性更为显著，这里冬季漫长，在海拔3600米左右，1月平均气温-17.8℃，绝对最低气温-50℃，布仑戈尔1953年曾低达-53.3℃，7月平均气温13.9℃，最高不超过20℃，背阴处气温明显低于向阳处，且分布有永冻的盐化土。
