大额支付系统运行时间是支付系统在工作日内进行的大额支付转账业务的开始时间，2018年5月央行发布了加急文件，调整了大额支付系统运行时间，自2018年5月1日起，大额支付系统运行时间调整为5×21+12小时。
从五月二日起，大额支付系统按法定工作日开始受理业务的时间调整为上一个自然日20:30，清算窗口时间调整为17:15-17:30。各直接参加者在法定工作天8:30前，可在系统中自愿登录，并接收清算行在每个法定工作日8:30以前通过该系统接收的业务，有条件的，应及时入帐；需要人工干预的，应于当日12:00前完成处理。
大额支付系统自5月5日起，在每个周末或法定节假日期间(以下统称假日)首日运行，并执行特别业务规则：业务受理时间为前一自然日20:30至当日8:30；业务受理范围为人民币跨境支付系统参与者发起的注资及资金拆借业务，其他业务均不受理；小额支付系统和网上支付跨行清算系统的轧差净额也不提交清算。
参加者在通过大额支付系统进行查询后，查复应于下一个法定工作日12:00之前进行查询，收到查询的时间以该大额支付系统工作日为准。巨额付款系统的退回申请和应答时间要求与查询查复相同。
中央银行会计核算数据集中系统(ACS)每天20:30至24:00期间处理的大额支付系统的业务记录均为第二天的账务，不影响当日的存款准备金考核。假期内的账务，由开户单位于假日后第一个法定工作日与人民银行分行完成核对。
