住房公积金不会清零。一般来说，在停缴期间，个人账户里的公积金是被封存在公积金管理中心，等待转移继续缴存，或者到退休时支取。虽然账户里的公积金不会被清零，但是停缴超过3个月是无法办理公积金业务的。
在住房公积金断交没有超过3个月的情况下，及时补缴不会对累计年限造成影响。
公积金的补缴是需要通过所在的单位进行的，个人是没有办法办理公积金的补缴汇款。通常情况下，一个企业或是单位每月会对员工的公积金进行缴纳，有时可能会因为一些原因出现了多缴或是少缴的情况，公积金管理中心对于企业少缴的部分，会通知用人单位，用人单位会选择在一个确定的时间，集中统一为员工进行补缴。
如果在3个月内没有找到新的用人单位补缴住房公积金，可以通过专门的人力资源公司帮忙代缴社保和公积金。
四种情形被纳入清理范围分别是：个人账户信息不完整不准确、一人有多个账户、退休后仍缴存的账户、长期封存账户。
1、账户的姓名或身份证号与身份证信息不相符的，由单位经办人员或职工本人到住房公积金缴存业务受委托银行网点办理个人账户信息变更业务。
2、职工在本市有多个住房公积金账户的，由单位经办人员或职工本人到住房公积金缴存业务受委托银行网点办理转移合并业务。职工在外地有住房公积金账户且封存满半年的，单位应提醒职工办理异地转移接续，将账户余额转入当地城市。
3、任何单位不得为退休职工缴存住房公积金，应当自其退休之日起30日内，为其办理账户封存。
4、封存超过一年的职工账户，缴存单位应逐一核实职工情况，分清类别，及时处理:已离休、退休的，应通知职工办理离休、退休提取;已死亡或被宣告死亡的，应告知其合法继承人或受遗赠人办理销户提取;已到外地工作且在当地有缴存住房公积金的，应提醒职工在当地办理异地转移接续，将账户余额转到外地;非本市户籍离职未再就业或出境定居的，应提醒职工办理销户提取;其他情况的，应办理集中封存(账户托管)。
