1、性质不同:国库券是国家财政当局为弥补国库收支不平衡而发行的一种政府债券;短期国债是中央政府为筹集财政资金而发行的一种短期政府债券。2、期限不同:国库券的期限一般在在1年以下;短期国债的期限一般在1年以上。3、形式不同:国库券是实物性债券;短期国债是记帐式和凭证式债券。