1、大产权房有五证，受法律保护，有完整产权。小产权，没有五证，不受法律保护，只有部分产权。通俗了说，就是大产权有不动产权证，小产权没有产权证。
2、大产权拆迁有补偿，小产权房则不一定有，也就是说，如果政府要拆迁房子，小产权业主有可能得不到得到相应拆迁安置补偿。
3、小产权房屋质量没有保障，可能存在安全隐患，而且除了房屋质量和房屋售后保修难以保证以外，入住后的物业管理也极容易出现问题。
4、小产权由于没有正规的产权证，不能在房地产管理部门登记备案，不可以办理抵押等他项权利，即不能设定抵押或上市交易，也就是说，买小产权房不能办理贷款，只能一次性付全款。
1、小产权房没有房产证：这类住房是建在集体土地上的，不允许对外销售，没有法律保证。也就是说，购买这样的房子拿不到国家发给的产权证。这是由国家的法律和土地的使用性质所决定的。
2、小产权房拆迁难补偿：除了不能办理房产证外，那些便宜房实际上属于在政府规定范围以外的违章建筑，如果和国家的规划相冲突，还很有可能被拆除，而且业主也不会得到拆迁安置补偿。
3、小产权房质量难保证：房屋质量没人监督，一些开发商为赚钱会偷工减料，存在安全隐患。这类房屋一般由土地所在村开发，除了房屋质量和房屋售后保修难以保证以外，入住后的物业管理也极容易出现问题。
4、小产权房配套不完善：这些房子几乎都没有暖气、天然气等配套设施。而且将来一旦出现纠纷，可能连水电都没有。
5、小产权房遗赠也麻烦：由于缺乏产权，未来在遗产继承时也会遇到许多麻烦。借新农村建设、旧村改造名义，是小产权房目前普遍的运作模式，具有打擦边球的性质。
