小产权房买卖合同纠纷法院有可能不会受理。由于小产权房属于不能对外交易的房屋，对小产权房买卖交易是不受法律保护的。根据规定，最高院规定对符合法律规定的起诉、自诉，人民法院应当当场予以登记立案，对不符合法律规定的起诉、自诉，人民法院应当予以释明。
1、无法办理产权证书
很多人可能会觉得，买了房子之后都是有产权证书的，但是小产权房其实是没有产权的，因为这类房子是没有国家颁发的土地使用证和预售许可证，当然购房合同也不可能在房管局备案。所以你就不可能拿到一个合法合规，有效的房产证。
2、再想出手比较难
由于小产权房是没有产权证书的，如果业主想要向非集体成员的第三人出售小产权房，因其没有房产证而无法完成产权过户，小产权房屋购买人完全可以与其他人再次签订房屋买卖协议，达到一房二卖或是多卖的目的，第三人的利益将得不到保证。
3、遇拆迁难赔偿
虽然大家遇到拆迁赔偿的概率比较小，但也要考虑到房屋可能遇到的问题，因为购买小产权的购房者不是房屋合法所有人，无法对抗国家的征地和拆迁，购房者将来遇到拆迁，将很难得到补偿。若小产权房屋违反国家政策被强拆，购房人可能面临既无法取得房屋，又不能索回房款的尴尬局面。
4、具有政策风险
在购买的是在建乡产权房，购房人与开发商签订合同并交付房款后，如果相关部门整顿乡产权房的建设项目，可能就会导致部分项目停建甚至被强迫拆除。那么结果只能是购房人找开发商索要购房款，购房人就可能面临既无法取得房屋，又不能及时索回房款的尴尬境地。
